在Windows 2000中，单击“开始”，选择“程序/启动”就可以看到每次开机时运行的程序。如果想禁止这些程序的自启动，只要在“启动”中右击鼠标，选择“删除”即可。但是有些自启动程序没在“启动”组里，那如何禁止这些程序的自动运行呢？下面的三种方法，供大家参考。
方法一：使用MsConfig文件
1、获取MsConfig文件
在Windows 98第2版中提供了MsConfig.exe(系统配置实用程序)文件， 在Windows 2000中没有提供该文件，但是此命令可以在Windows 2000中运行。从装有Windows 98第2版的机器中拷贝这个文件(在WindowsSystem目录下)到Windows 2000中的WinNTSystem32目录下，此文件大小只有68KB。
2、运行MsConfig
在Windows 98中点击“开始/运行”，输入“MsConfig”，然后“确定”即可。
在Windows 2000中运行MsConfig时，系统会提示系统配置实用程序无法读取Config.sys、Autoexec.bat、System.ini、Win.ini文件，连续单击四次“确定”按钮忽略即可，然后在“启动”标签项中把不需要的自启动程序前的对勾去掉即可禁止这些程序的自动运行。
方法二：通过修改注册表实现
启动注册表编辑器，进入HKEY_LOCAL_MACHINE SOFTWAREMicrosoft
WindowsCurrentVersionRun，在右边可以看到自启动的程序，如果想禁止，可以单击选定，从“编辑”菜单中选择“删除”即可。注意：在删除前最好备份注册表，以防万一。
方法三：使用第三方软件工具
目前有许多工具可以实现对注册表的直接修改，例如Windows优化大师、超级兔子魔法等等。下面以Windows优化大师为例介绍如何禁止自启动程序的运行，可以从www.ccidnet.com/soft/cce/下载Windows优化大师程序，安装完成后，单击“开始”按钮，选择“程序”，运行“Windows优化大师”，单击左边的“开机速度优化”，在“请选择开机不自动运行的程序”框中显示了所有自动运行的程序，将要禁止的程序前的复选框打上对勾，然后单击“优化”按钮，这些要禁止的程序就被删除，当然也可以单击“恢复”按钮进行恢复。设置完成后退出优化大师程序，系统会提示“系统设置已经更改。要让优化结果立即生效，请关闭所有当前正在运行的程序后，单击确定以便重新启动你的计算机”，此时单击“确定”按钮，重新启动计算机即可。
几点说明：
以上三种方法笔者推荐第一、第三种，尽量不要用第二种，因为修改注册表操作起来比较麻烦，并且危险性大。有些工具不但可以删除自启动程序，还可以直接添加自启动程序，如超级兔子魔法，用起来还是很方便的。另外，以上三种方法修改完成后，都必须重新启动计算机后才能生效。