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水质主要是被鱼的食物所污染，因此食物是真的被吃掉还是在水族箱底部腐烂并不是特别重要。纵使鱼部分地利用了它们吃进的食物中的碳水化合物、脂肪及蛋白质，还是会有一些残馀的物质，这些残馀物质是与新陈代谢的所产生的排泄物一起再进入水族箱的。跟着食物一起，这些排泄物以氮化合物、硫酸盐、及磷酸盐的形式污染了水质。如果七彩神仙鱼的饲主在—次喂食之后便彻底的换水，能将养殖系统中难以计量的其他问题随着粪便及残留的食物一起清出去。不过并不是—个人都能够这样子做的。
大部分的养殖系统中，水质污染会持续增加，磷酸盐及硫酸盐成了较不严重的威胁。最主要的问题是一开始存在水族箱中的以氨的形式存在酸硷值低于7.5的氮化合物。不过最重要的是，任何的过滤器，可以透过氧化作用将氨先转换为亚硝酸盐，再转换为硝酸盐。如果氨的酸硷值是在酸性的范围之内的话，那么氨是相当无害的。然而，即使是少量的亚硝酸盐都能严重的伤害或杀死我们的鱼。非常幸运地，容纳了足够的硝叱细菌的过滤器可以立即地将任何亚硝酸盐转换成较不具危险性的硝酸盐。
在传统的水族箱中，硝酸盐并不会被进一步的处理，导致硝酸盐的含量持续地上升。就大部分的养殖装置而言，唯一的对策就是换上大量的水来降低水族箱水中硝酸盐的含量，让我们的鱼可以活得更久。我们必须了解水中增加的硝酸盐会给鱼儿们带来负担。在七彩神仙鱼天然的群居生活环境中，它们不曾面临像水族箱中这样多数量的硝酸盐。虽然氮化合物在天然的水中也会转换成硝酸盐，但是由于大量的水所以不会到达像水族箱中那样高的浓度。另外，干净的天然水存在一种机制会使得细菌转换硝酸盐，所以水中只剩下氨气以及二氧化碳。不幸的是，这样子的过程无法轻易地转移到水族箱装置中。然而，朝着这个方向进行的试验以及一开始所得的正面结果给了我们一些希望，这个问题在不久的将来可望能够解决。
因此，水族箱内正确的过滤方法仅意谓着创造适合的设置，也就是选择正确的过滤器机型以及过滤滤材来确保细菌可以进行它们的工作而不受阻碍。污染水质的氮化合物对细菌而言是很丰富的食物，饲养七彩神仙鱼的水族箱的水温也适合细菌生存。剩下的事就是要选择过滤器合适的大小并在 面填充适量的过滤滤材，一个过滤器的运转效率主要视所用的过滤滤材而定。表面积有限的平滑物质（如塑胶制的过滤滤材），自然地只能提供小小的拓殖面积，寄生的细菌数量也限，当然它们的效益也有限。另一方面，假如你选择来填充过滤器的过滤滤材能提供细菌一个极大的可利用空间来拓殖，那么过滤器将会有相当高的运作效率。运转过滤器的马达的运转力是第二重要的。以较缓慢的流动率在运转的过滤器，通常都会比那些以高速推动水流的过滤器有较佳的效益，因为即使是最有效率的细菌也要一定的时间来完成它的工作。
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