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许多水族养殖专家在一开始的时候，都会面临近亲交配的问题。许多初学者一开始所养的都是同一对七彩神仙鱼所生的一群幼鱼。当这些后代渐渐地成熟为成鱼且交配后，它们所产下的幼鱼就是第一代近亲交配世代，以后可能还会有第二代、第三代。在一开始的时候，这并未被初养者了解这么做是错误的。只有在后来的世代中，如果后代的身体形状明显地变差，或者是鱼不再有适当的大小，这些水族养殖专家才会注意到这个问题。如果你现在开始交配不同的血系，当然你就有可能避免这个最糟的错误。不过这需要投入许多时间及努力。
我们可以在一开始，养育不同对七彩神仙鱼所繁殖的幼鱼，然后再将它们彼此配对，要避免近亲交配，这样的作法是比较值得采用的。在其他领域的动物繁殖上，近亲交配通常是绝对被禁止的。同一家族的狗不会互相交配，名贵的马的饲主也不会为了要更快的达到繁殖的目的而采取近亲交配。由于不了解，很少有买主能够评估七彩神仙鱼鱼苗的品质，这也鼓励了那些人工繁殖者更致力于这样错误的交配。当然，所谓”繁殖变种”的说法更是让许多水族爱好者不是很认真的考虑这个问题。
一只七彩神仙鱼有显性基因同样地也有大量的隐性基因资讯。繁殖者的工作就是确认这些特征，并且为不同血系的鱼配对，使得这些鱼所产下的后代能尽可能地显露正面的特质，带领我们更往养殖的目标跨近一步。这个部分决定了鱼的繁殖以及交配，并在幼鱼上留下惊人的特征，不应该被视为一个问题，相反的，可以看做是繁殖的主要动机。
如果你一开始替两只知道血系的鱼配对，你至少必须要养育一些鱼苗直到它们成熟，才能评估结果。同时，在培育后代时，你也要确保它们是由不同对的鱼所产下的。如果你加入新的鱼，你必须要特别注意这些鱼的配对。你也必须观察抓来的野生鱼，就像观察不同血系的后代一样，一段时间后我们就可以找出这些鱼身上的世代相传的特征，并且知道在这个血系之中，这个一致的特征分布的范围。因此，这样配对所产生的第一代后代，必须被照顾到长成成鱼，只有到那时才能正确地评估配对是否成功。
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