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首先，要明确基本医疗保险费用结算的范围。原则上， 属于基本医疗保险基金支付的医疗费用，包括在定点医疗机构和定点零售药店以及异地就医发生的属于统筹基金支付范围和个人帐户支付范围的医疗费用都应纳入社会保险经办机构的费用结算范围，应由统筹基金和个人帐户支付的医疗费用，由社会保险经办机构通过银行结算系统直接结算，不再由医疗服务机构与用人单位和个人进行费用结算，从而减轻用人单位的社会事务负担和医疗服务机构负担。但考虑到我国目前的管理能力，特点是个人帐户的复杂性和零售药店目前承担基本医疗服务的有限性及本身管理规范尚不健全，对暂不具备条件的地区，对发生在零售药店或异地就医的费用，也允许采取先由参保人员或用人单位垫付，然后由社会保险经办机构与参保人员或用人单位结算的过渡形式。
其次，社会保险经办机构要规范结算程序，明确结算期限，简化结算手续，逐步提高社会化管理服务水平，减轻定点医疗机构、定点零售药店和用人单位的负担。
第三，社会保险经办机构要按与定点医疗机构和定点零售药店签订的协议的有关规定及时结算并拨付基本医疗保险费用。定点医疗机构和定点零售药店要配备相应的人员，负责核算参保人员的医疗费用，按协议规定提供费用结算所需的有关材料。
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